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1.
Revue du Rhumatisme ; 89:A81-A81, 2022.
Article in French | Academic Search Complete | ID: covidwho-2182792

ABSTRACT

Chez les patients traités par biothérapies, la vaccination contre la grippe est recommandée, mais la couverture vaccinale reste très faible. L'utilisation de rappels via des moyens de communication numérique est une option qui pourrrait augmenter la couverture vaccinale sans besoin de temps médical/paramédical. Notre objectif était d'évaluer l'efficacité de rappels SMS/mails sur la couverture vaccinale contre la grippe chez les PR sous biothérapies. Entre septembre 2016 et janvier 2022, le registre multicentrique ART (NCT03062865) a recruté ∼ 1500 PR initiant un anti-TNF dans 59 centres. À l'inclusion, il a été proposé aux patients de participer à une e-cohorte et compléter des questionnaires mensuels en ligne. Nous avons conçu un essai contrôlé randomisé (ECR) niché dans l'e-cohorte de l'ART (NCT05220423). En octobre 2021 (début de la campagne vaccinale antigrippale), les patients participant activement à l'e-cohorte (n = 446) ont été randomisés pour recevoir (n = 224) ou non (n = 222) des rappels par e-mail et SMS sur l'importance de la vaccination antigrippale. En mars 2022, ils ont reçu un questionnaire (et, en cas de non-réponse, des sms) sur leur statut vaccinal contre la grippe pendant la campagne 2021–2022. Le critère d'évaluation principal était le taux de vaccination. Les données manquantes ont été traitées par imputation multiple. Parmi les 446 patients randomisés, 233 ont rempli le questionnaire complet sur la grippe et 92 patients ont seulement renseigné leur statut vaccinal contre la grippe 2021–2022. Les non-répondants (n = 121) étaient plus jeunes, plus souvent non-travailleurs ou étudiants, et étaient moins souvent à jour de leurs vaccinations lors de l'inclusion dans le registre. Le taux de vaccination était de 116/158 (73 %) dans le groupe avec rappels et de 105/167 (63 %) dans le groupe sans rappels. Après imputation multiple des données manquantes, le RR de vaccination dans le groupe avec rappels était de 1,07, 95 %CI [0,95–1,22] par rapport au groupe sans rappels. En juin 2020, 169 patients avaient répondu à un précédent questionnaire sur leur statut vaccinal antigrippe pendant la campagne 2019–2020 (pré-pandémie de COVID) ;118 (70 %) avaient déclaré avoir été vaccinés contre la grippe. Parmi les patients ayant répondu aux 2 enquêtes, le taux de vaccination ne différait pas entre 2020 et 2022 (99/137 (72 %) vs 99/137 (72 %), p = 1,00). Parmi les 233 patients ayant complété le questionnaire 2022, 144 (85 %) ont déclaré que la pandémie de COVID n'avait pas eu d'impact sur leur attitude vis-à-vis de la vaccination antigrippe. Ils déclaraient être vaccinés principalement pour se protéger (77 %) ou protéger leurs proches (32 %). Les principales raisons de la non-vaccination étaient la priorité donnée au vaccin COVID-19 (33 %) ou l'absence de crainte de l'infection grippale (25 %). La peur des effets secondaires ou la non-confiance dans les vaccins n'ont été que marginalement rapportées (6 et 8 %). Par ailleurs, 221 (95 %) ont été vaccinés contre le COVID19. Chez les patients atteints de PR sous biothérapies et adhérents aux questionnaires mensuels en ligne, les rappels SMS/email portant sur l'importance de la vaccination antigrippale n'ont augmenté que modestement, et de manière non significative, la couverture vaccinale. Cependant, notre population présente l'un des taux les plus élevés de vaccination contre la grippe de la littérature. La pandémie et la campagne vaccinale anti-COVID n'avaient pas d'impact sur le comportement des patients PR concernant la vaccination contre la grippe. (French) [ FROM AUTHOR]

2.
Revue du rhumatisme (Ed francaise : 1993) ; 89(6):A23-A23, 2022.
Article in French | EuropePMC | ID: covidwho-2169582

ABSTRACT

Introduction L'immunosuppression sévère est un des facteurs de risque de sévérité de la COVID-19. Les patients atteints de rhumatisme inflammatoire chronique (RIC) exposés au rituximab et aux corticoïdes à forte dose sont à plus haut risque de forme sévère de COVID-19 et ont une moins bonne réponse humorale aux vaccins de la COVID-19. Peu de données sont disponibles sur la réponse humorale après infection chez les patients atteints de RIC et l'impact éventuel des traitements sur cette immunisation. L'objectif de ce travail était de comparer la réponse humorale post infection à COVID-19 chez les patients atteints de RIC par rapport à celle d'une population témoin non immunodéprimée. Patients et méthodes Cas : tous les patients suivis en consultation pour une polyarthrite rhumatoïde (PR) ou une spondyloarthrite (SpA) dans 16 centres français ont été invités à participer à l'étude COVID-RIC et ont bénéficié d'une sérologie systématique SARS-CoV2. Les patients ayant une sérologie positive ont été sélectionnés pour participer à la cohorte COVID-RIC2 et inclus entre mars et octobre 2021. Témoins : les soignants du CHU de Toulouse ont été invités à réaliser une sérologie systématique SARS-CoV2 en juillet 2020. Ceux dont la sérologie était positive étaient inclus la cohorte COVID-BIOTOUL pour un suivi sérologique trimestriel. Les sujets de COVID-BIOTOUL ont été appariés 1 :1 aux patients de COVID-RIC2 sur l'âge, le sexe et le délai entre la date de survenue de l'infection COVID-19 et le prélèvement biologique. Dosages sérologiques : un dosage des immunoglobines totales (Igtot) dirigées contre la protéine S du SARS-CoV2 a été réalisé dans le laboratoire de virologie du CHU de Toulouse. Analyses : les taux médians d'Igtot ont été comparés par un test de Wilcoxon. Résultats 93 patients ont été inclus dans chaque groupe (âge moyen 49 ans, délai médian entre l'infection et le prélèvement : 150 jours). Dans le groupe COVID-RIC2, 46 patients avaient une PR (89 % de femmes, DAS28-CRP moyen : 2,97), et 47 une SpA (61 % de femmes, ASDAS-CRP moyen : 2,36). Le taux d'Igtot était comparable entre les groupes (taux médian chez les RIC : 155BAU [EIQ : 7–376] versus 120BAU [EIQ : 35–320], p = 0,6). Il n'y avait pas de différence de taux d'Igtot après stratification sur l'âge, le sexe, le type de RIC ou le délai après infection. Les 14 patients RIC ayant eu une forme sévère de COVID-19 (nécessité d'une oxygénothérapie) avaient des taux d'Igtot plus élevés (taux médian chez les 14 RIC avec COVID sévère : 374,7 BAU [EIQ : 155,3–916,8) versus 122,1 [EIQ : 6,6–304,7], p < 0,01). Parmi les patients RIC, seuls 2 avaient reçu du rituximab et 3 de l'abatacept et leur taux d'Igtot étaient très faibles (taux médians chez les patients sous rituximab : 3,5 BAU [EIQ : 0,0 ;6,9], sous abatacept : 5,7BAU [EIQ :2,6–187,4]). Les autres traitements (csDMARDs, tsDMARDs et autres bDMARDs) n'avaient pas d'effet sur les taux d'Igtot chez les patients RIC en comparaison aux témoins. Conclusion Les patients atteints de RIC ont une réponse humorale comparable aux témoins sains après une infection à COVID-19. La sévérité des symptômes était associée à de plus forts taux d'Igtot chez les patients atteints de RIC. Les traitements de fond en dehors des traitements par rituximab et abatacept ne semblaient pas avoir d'influence sur la réponse humorale.

3.
Annals of the Rheumatic Diseases ; 81:969, 2022.
Article in English | EMBASE | ID: covidwho-2009117

ABSTRACT

Background: Although it prevents severe forms of the disease, vaccination does not completely protect against the occurrence of COVID19 disease. If, DMARDs used have been associated with variable humoral response to SARS-CoV-2 vaccination, the impact of their use after SARS-CoV-2 natural infection have been poorly studied. Objectives: To characterize humoral response after SARS-CoV-2 infection and viral persistence in the nasopharyngeal sphere (NP), stools and blood of patients with rheumatic disease under DMARDs, and compared to healthy controls. Methods: Prospective monocentric longitudinal study including patients with rheumatoid arthritis or spondyloarthritis under DMARDs and with a confrmed SARS-CoV-2 infection (positive NP PCR and/or positive serology and/or pathognomonic thoracic tomography (CT)) during the frst or second wave of the COVID pandemic. Patients were followed up until one year after infection and humoral response was assessed before vaccination. Serum IgG and IgA antibodies against spike (S) and nucleocapsid (N) proteins were measured at every visit. Viral persistence was assessed at the early visit in the NP and stools using conventional RT-PCR and in the blood using a high sensitive technique (droplet digital PCR). Results: Between June 2020 and July 2021, we include 96 patients (50 SpA and 46 RA) with a mean age of 53 +/-14 years and 20 healthy controls (mean age 49 ± 16 years) corresponding to relatives of patients (spouses, children) living together and infected at the same time. The immune responses were analyzed according to 6 treatment groups: methotrexate (MTX)/salazopyrine (SLZ) monotherapy (n=17/2);anti-TNF monotherapy (n=24), anti-TNF + MTX (n=23);rituximab (RTX) (n=11);anti-IL17 or-23 (n=8);others (n=11). Visits were made at 1 month (29 ±13 days;n=18), 3 months (110 ±23 days;n=67), 6 months (231 ±35 days;n=48) and 12 months (368 ± 19 days;n=19) after infection. The anti-S and anti-N IgG Ab titers were not signifcantly different in the 6 treatment groups and the control population at 3 months. A signifcant decrease in anti-S IgA Ab titers was noted in the group treated with RTX (p=0.007) and with molecules targeting the IL17/23 pathway (p=0.007). A similar but non-signifcant trend was observed in these same treatment groups for anti-N IgA Ab (p=0.07). The titers of anti-SARS-CoV-2 antibodies at M3, was not associated with a severe COVID disease. Detection of SARS-Cov-2 RNA in stools and serum was negative for all samples taken at 1 month or 3 months. 4 patients (2 RA treated with abatacept/RTX and 2 SpA treated with anti-TNF/secukinumab) had a positive RT-PCR NP with low to very low viral load at the 1-month visit (mean Ct 36). None of these 4 patients had had a severe form of COVID19 infection. Conclusion: DMARDs-treated patients with previous proven COVID-19 did not seem to alter IgG Ab response but RTX and anti-IL17/-IL-23 might alter IgA humoral response. This lower immune response was not associated with a more severe disease. In these patients, new infection may not be considered as a full boost for the immune system. DMARDs did not induce viral persistence in the serum, the NP or in the stool.

4.
Virologie ; 26(2):181-182, 2022.
Article in English | EMBASE | ID: covidwho-1913255

ABSTRACT

The binding of the SARS-CoV-2 spike to angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) promotes virus entry into the cell. Targeting this interaction represents a promising strategy to generate antivirals. By screening a phage-display library of biosynthetic protein sequences build on a rigid alpha-helicoidal HEAT-like scaffold (named αReps), we selected candidates recognizing the spike receptor binding domain (RBD). Two of them (F9 and C2) bind the RBD with affinities in the nM range, displaying neutralisation activity in vitro and recognizing distinct sites, F9 overlapping the ACE2 binding motif. The F9-C2 fusion protein and a trivalent -Rep form (C2-foldon) display 0.1 nM affinities and EC50 of 8- 18 nM for neutralization of SARS-CoV-2. In hamsters, F9-C2 instillation in the nasal cavity before or during infections effectively reduced the replication of a SARS-CoV-2 strain harbouring the D614G mutation in the nasal epithelium and pathogenicity. Furthermore, F9-C2 and/or C2- foldon effectively neutralized SARS-CoV-2 variants (including delta and omicron variants) with EC50 values ranging from 13 to 32 nM. With their high stability and their high potency against SARS-CoV-2 variants, αReps provide a promising tool for SARS-CoV-2 therapeutics to target the nasal cavity and mitigate virus dissemination in the proximal environment.

5.
Revue du Rhumatisme Monographies ; 2022.
Article in English | EMBASE | ID: covidwho-1616670

ABSTRACT

The Covid-19 pandemic has clearly impacted the management of inflammatory rheumatisms in terms of discontinuation of follow-up and discontinuation of treatment due to the risk of severe infection linked to the disease and to immunomodulatory treatments. Treatments are now available to prevent severe forms of the disease, including vaccines and specific monoclonal antibodies directed against the S protein of the SARS-CoV2 virus. Among the treatments used to treat inflammatory rheumatisms, corticosteroids and rituximab are clearly associated with a severe form of Covid. The humoral vaccine response after vaccination with messenger RNA (mRNA) vaccines appears to be reduced with methotrexate, abatacept and especially rituximab. Specific vaccine regimens have already been proposed for patients undergoing rituximab and should be refined as more knowledge becomes available, as these vaccines should now be part of our patients’ vaccination schedule. For those who do not develop antibodies after a complete vaccination regimen, the combination of casirivimab and imdevimab antibodies can be given monthly as a preventive measure or just after exposure.

6.
Revue du Rhumatisme ; 88:A119, 2021.
Article in French | ScienceDirect | ID: covidwho-1537043

ABSTRACT

Introduction L’impact des traitements immunomodulateurs utilisés dans les rhumatismes inflammatoires chroniques sur la réponse humorale anti-SARS-coV-2 et sur la persistance virale dans la sphère nasopharyngée (NP), les selles et le sang a été peu étudié à ce jour. L’objectif était de caractériser la réponse humorale anti-SARS-CoV-2 ainsi que la persistance virale NP, sérique et fécale de patients sous immunomodulateurs (DMARDs) pour un rhumatisme inflammatoire chronique, comparativement à une population témoin sans rhumatisme inflammatoire chronique et non immunodéprimée. Patients et méthodes Étude longitudinale prospective (inclusions de juin 2020 à maintenant) de patients sous DMARDs synthétiques et/ou biologiques pour une spondyloarthrite (SpA) ou une polyarthrite rhumatoïde (PR). Les titres d’Ac anti-Spike (S) et anti-Nucleocapside (N) en IgG et IgA ont été déterminés dans le sérum et sur l’écouvillonnage NP. La persistance virale NP, fécale et sérique a été déterminée par RT-PCR. L’ARNémie plasmatique du SARS-CoV-2 a été déterminée par RT-PCR numérique ultrasensible sur gouttelettes (BioRad®). Résultats Un total de 96 patients (50 SpA et 46 PR) d’âge moyen 53±14 ans ont été inclus dans l’étude COVIRIC après une infection confirmée à SARS-CoV-2 (RT-PCR et/ou sérologie positive et/ou tomodensitométrie (TDM) thoracique compatible). 20 témoins (âge moyen 49±16 ans) correspondant à des collatéraux de ces patients (conjoints, enfants majeurs) vivants sous le même toit et infectés au même moment ont été inclus comme population contrôle. Les réponses immunes ont été analysées selon 6 groupes de traitement : méthotrexate (MTX)/salazopyrine (SLZ) monothérapie (n=17/2) ;anti-TNF monothérapie (n=24), anti-TNF+MTX (n=23) ;rituximab (RTX) (n=11) ;traitements ciblant la voie IL17/23 (n=8) ;autres (n=11). Les visites étaient effectuées à 1 mois (29±13jours ;n=18), 3 mois (110±23jours ;n=67), 6 mois (231±35jours ;n=48) et 12 mois (368±19jours ;n=19) après l’infection. Aucune des visites n’était post-vaccinale. La distribution des titres d’Ac IgG anti-S et anti-N n’était pas significativement différente dans les 6 groupes de traitement et la population témoin à 3 mois. En revanche, on notait une diminution significative des IgA anti-S dans les groupes de traitement par RTX (p=0,007) et par molécules ciblant la voie IL17/23 (p=0,007). On observait une tendance similaire mais non significative dans ces mêmes groupes de traitement pour les IgA anti-N (p=0,07) dans le sérum et pour la quantification des IgA anti-S anti-SARS-CoV-2 dans les prélèvements NP du groupe RTX comparativement aux témoins (p=0,07). Les titres des Ac anti-SARS-CoV-2 à M3, quel que soit leur sous-type, ne conditionnaient pas la sévérité de l’infection COVID-19. La détection de l’ARN SARS-Cov-2 dans les selles et le sérum était négative pour l’ensemble des prélèvements réalisés à 1 mois et 3 mois. 4 patients (2 PR ;traitement par abatacept (ABA)/RTX ;2 SpA traitement par ADA/sécukinumab) avaient une RT-PCR NP positive avec charge virale faible à très faible à la visite de 1 mois (Ct moyen 36). Aucun de ces 4 patients n’avaient eu une forme sévère d’infection COVID19. Conclusion Les traitements analysés dans cette étude n’ont pas eu d’impact significatif sur les titres d’IgG anti-N et anti-S. En revanche, les traitements par RTX et ceux ciblant la voie IL17/23 semblent impacter la réponse humorale IgA mais sans lien avec la sévérité de l’infection dans la population étudiée. Les différents traitements analysés n’induisaient pas de persistance virale sérique ou dans les selles.

7.
Revue du Rhumatisme ; 88:A41-A42, 2021.
Article in French | ScienceDirect | ID: covidwho-1537028

ABSTRACT

Introduction Notre objectif était de décrire la prévalence de la séroconversion au SARS-CoV-2 par un dépistage sérologique systématique des patients atteints de rhumatisme inflammatoire chronique (RIC) et d’en étudier les facteurs associés. Matériels et méthodes COVID-RIC1 est une étude transversale multicentrique nationale menée dans 17 centres tertiaires en France. Critères d’inclusion : – ≥18 ans ;– diagnostic de polyarthrite rhumatoïde (PR), spondylarthrite axiale (axSpA) ou rhumatisme psoriasique (RPso) ;– traitement≥1 mois par AINS, corticoïdes ou DMARD ;– accepter un test sérologique SARS-CoV-2. Données collectées par formulaire électronique centralisé et anonyme : démographiques, RIC, traitements symptomatiques et de fond, symptômes évocateurs de COVID-19. Les tests sérologiques pour le SARS-CoV-2 pouvaient être réalisés soit au centre tertiaire, soit dans le laboratoire habituel du patient. En cas de tests sérologiques antérieurs, les résultats ont également été recueillis. La séroprévalence était estimée comme le rapport du nombre de tests positifs sur le nombre de tests sérologiques SARS-CoV-2. Une régression logistique a été réalisée pour étudier l’impact des différentes covariables sur la séroconversion. Toutes les variables avec p<0,20 en analyse univariée ont été proposées dans le modèle multivarié avec sélection rétrograde. Résultats Entre le 23 novembre 2020 et le 13 juin 2021, 3845 patients ont été inclus, avec≥1 sérologie. Leurs principales caractéristiques étaient : 2431 (63,2 %) femmes ;âge moyen : 55 ans ;1848 (48,1 %) PR et 1992 (51,9 %) SpA dont 580 PsA ;612 (16,1 %) traités par corticoïdes dont 147 (3,9 %) à≥10mg/j d’équivalent prednisone, 41,4 % par csDMARD, 78,6 % par bDMARD et 4,3 % par tsDMARD. Sur les 3891 sérologies analysées, 454 étaient positives, soit une séroprévalence de 11,7 % [IC95 % : 10,7–12,7]. Les sérologies des 178 patients déjà vaccinés n’ont pas été prises en compte. Les patients séropositifs étaient plus jeunes (56 ans [54 (45–64) vs IQR : 46–66], p=0,02). En analyse univariée puis multivariée, la sulfasalazine et les corticoïdes étaient indépendamment associés à la séropositivité avec un odds ratio ajusté (ORa) : 2,57 [1,53–4,32], p<0,001 et ORa : 1,39 [1,07–1,81], p=0,013, respectivement. L’âge et l’abatacept étaient des facteurs indépendants associés à des sérologies négatives (ORa/10 ans : 0,93 [0,87–1,00], p=0,036 et ORa : 0,54 [0,34–0,88], p=0,013). Parmi les 620 patients ayant déclaré des symptômes de COVID-19, la séroprévalence était 40,8 % [36,9–44,8] vs 6,1 % [5,3–7,0] chez les asymptomatiques. Aucune différence significative n’a été observée entre les patients symptomatiques et asymptomatiques en termes de démographie, RIC et traitements. Chez les 286 patients avec COVID-19 avérée, on observe significativement plus de séronégatifs en cas de traitement par rituximab (52,9 % [n=17] vs 18,9 %, p<0,01) et par abatacept (50,0 % [n=10] vs 19,9 %, p=0,04). Conclusion Il s’agit de la première étude de prévalence de la séroconversion SARS-CoV-2 chez les patients atteints de RIC à l’échelle nationale. L’âge avancé et l’abatacept étaient associés à une sérologie négative dans l’ensemble de la population. Le rituximab et l’abatacept étaient associés à une sérologie négative en cas de COVID-19 avérée.

8.
Annals of the Rheumatic Diseases ; 80(SUPPL 1):902-903, 2021.
Article in English | EMBASE | ID: covidwho-1358834

ABSTRACT

Background: Since the beginning of 2020, the COVID-19 pandemic has caused a considerable amount of fear, worry and concern in the general population and among certain groups such as the elderly, healthcare providers and people with pre-existing conditions in particular. Our patients suffering from chronic inflammatory rheumatism (CIR), a group of autoimmune pathologies treated by immunosuppressant medication, are particularly concerned. Actions taken -particularly quarantine and its effects on the normal activities, habits or livelihoods of many people -also have a significant impact. There is little information on the impact of the lockdown in patients with CIR with data measured prospectively, in a standardized way, before and during the first lockdown period. Objectives: The objective of this ancillary study was to evaluate the psychological impact of the first lockdown period (anxiety, depression, sleep disorders, catastrophizing.) as well as the evolution of disease activity in patients suffering from CIR. Methods: At two French university hospitals, adult patients with rheumatoid arthritis (RA) according to the ACR-EULAR 2010 criteria, spondyloarthritis (SpA) fulfilling the ASAS 2009 criteria and psoriatic arthritis (PsA) according to the Caspar 2006 criteria were consecutively included in the Catastrophism in Chronic Inflammatory Rheumatism (CRIC) study from September 2019. Sociodemographic data, information on the disease and its treatments were collected as well as questionnaires on disease activity (DAS28, CDAI, BASDAI), function (HAQ), quality of life (SF12, EQ5D), anxiety and depression (HADS, GAD7), insomnia (ISI) and catastrophizing scores (PCS). These data were collected prospectively at baseline, 3, 6 and 12 months. In this ancillary study, data from patients with an assessment before and during lockdown were analyzed. Statistical analyses were descriptive with a paired Student's T-test. Results: In all, 140 patients (49 RA, 69 SpA and 22 PsA) were evaluated before and during lockdown. The median age was 53.5 [44-63] years and 60.7% were women;74 patients (53.2%) were professionally active and 102 (72.9%) were living as couples. The majority of patients (92.9 %) had a disease lasting more than 2 years. Concerning treatments, 63 (45%) were treated by bDMARD monotherapy, 40 (28.5%) by bDMARD+ csDMARD, 17 (12.1%) by csDMARD monotherapy and 2 patients by tsDMARD;90.7% were not taking any corticosteroids and 8.6% were taking ≤5 mg/d;30% were on NSAIDs. When comparing before and during lockdown, pain, tender joint count, swollen joint count, disease activity (CDAI, BASDAI) and function (HAQ, SF12 physical component) were similar. However, there was a significant improvement in psychological status, anxiety (HADS, GAD7), the mental component of SF12, catastrophizing and overall quality of life (EQ5D) (see Table 1 below). Conclusion: There are very few prospective, standardized data on the impact of lockdown in patients with CIR with an assessment before and during the first lockdown period. In patients with CIR, the first lockdown period had no impact on the activity of the disease and was well experienced psychologically with less anxiety and an improvement in quality of life.

9.
Image Processing on Line ; 10:191-210, 2020.
Article in English | Web of Science | ID: covidwho-1041287

ABSTRACT

We describe a transparent method calculating an "effective reproduction number (ERN)" from the daily count (incidence) of newly detected cases in each country, in the EU and in each US state. We aim at getting a result as faithful as possible to the observed data, which are very noisy. The noise, being specific of administrations, shows a seven days period. Hence the incidence curve is first filtered by a seven days mean or median filter. Then the ERN is computed by a classic reproduction formula due to Nishiura. To do so requires knowledge of the serial interval function Phi(s) which models the time between the onset of symptoms in a primary case and the onset of symptoms in secondary cases, or equivalently the probability that a person confirmed infected today was actually infected s days earlier by another confirmed infected person. We use and compare several recently proposed evaluations of Phi, and verify that their variation has moderate practical incidence on the evaluation of the ERN. The method we present derives from Nishiura's formula but we prove that for the adequate choice of parameters it is identical to one of the methods proposed by the classic EpiEstim (Estimate Time Varying Reproduction Numbers from Epidemic Curves) software. We find that the same method can be applied to compute an effective reproduction number from the daily death count, which yields therefore another prediction of the expansion of the pandemic. Although this application has no clear theoretical justification, we find good experimental fit of the ERN curves obtained from the incidence and from the death curve, up to a time shift. In most countries, both curves appear to be similar, with a time delay that depends on each country's detection and administrative processing delays. Both ERNs can be consulted daily online in the demo tag associated with this paper. We refer the readers to the online demo(1) to experiment by themselves. In the case of France, an ERN based on hospitalizations, new entries in ICU's and deaths at hospitals is also computed daily(2). Source Code The code is quite simple. To simplify its presentation we use a single file where all basic procedures are included, from the management of data to the parameter optimization. The reviewed source code and documentation for this algorithm are available from the web page of this article(3). Compilation and usage instructions are included in the README.txt file of the archive.

10.
Revue du Rhumatisme ; 87:A292-A293, 2020.
Article in French | ScienceDirect | ID: covidwho-947429

ABSTRACT

Introduction La prévalence des formes asymptomatiques d’infection COVID-19 en population générale est mal connue à ce jour (<10 %). L’objectif de cette étude était d’évaluer la séroprévalence COVID-19 au sein de patients atteints d’un rhumatisme inflammatoire chronique (PR ou SPA) sous traitement de fond immunomodulateurs et étudier la proportion de formes symptomatiques et asymptomatiques. Patients et méthodes Nous avons effectué un dépistage systématique d’infection à SarS-Cov-2 par sérologie en hospitalisation de jour de rhumatologie de l’hôpital Cochin entre le 1er juin et le 31 août 2020, chez les patients suivis pour une SPA (axiale ou périphérique) ou pour une PR, hospitalisés pour réalisation d’une biothérapie IV ou pour avis thérapeutique. Chaque patient était interrogé sur la survenue de symptômes évocateurs de COVID-19 depuis janvier 2020. Les tests sérologiques étaient réalisés de façon systématique chez les patients pris consécutivement. Le test sérologique utilisé a été validé par la Société française de virologie. Il s’agit d’un test sérologique qualitatif (immuno-essai chimioluminescent microparticulaire, Abbott, USA) qui détecte les IgG dirigés contre la protéine N. Résultats Sur la période d’analyse, 249 patients ont été inclus dont 121 PR et 128 SPA. Les patients SpA avaient un âge moyen de 51 ans (±14) et une durée moyenne d’évolution de 8 ans (±14). La majorité des patients étaient traités par anti-TNF seuls (n=60) ou en association avec leflunomide (n=1), SLZ (n=3), HCQ (n=1) ou MTX (n=57). Un patient était traité par baricitinib et 1 autre par l’association sécukinumab/SLZ. Trois patients étaient en monothérapie par MTX et 1 sous SLZ. Une corticothérapie était associée au traitement de fond dans 7 % des cas (n=9). Les patients PR avaient une durée moyenne d’évolution de 19 ans (±12). Une grande majorité des patients étaient sous biothérapies compte tenu du mode de recrutement (bDMARDs n=101, tsDMARDS n=2, csDMARDS n=18). Ainsi, 18 patients étaient traités par anti-TNF en association avec du MTX (78 %), du leflunomide (16 %) ou de l’imurel (5 %) ;20 sous abatacept seul (40 %) ou en association avec du MTX (45 %) ou du leflunomide (15 %) ;23 sous TOCI seul (48 %) ou associé au MTX (45 %), au leflunomide (10 %) ou à l’imurel (5 %) et 40 sous rituximab seul (25 %) ou associé au MTX (62,5 %), au leflunomide (7,5 %), à l’imurel (2,5 %) à l’HCQ (2,5 %). Une corticothérapie était associée au traitement de fond dans 43 % des cas (n=53). Sur les 249 sérologies réalisées, 7 (2,8 %) étaient positives (4 SpA et 3 PR). L’âge moyen des patients avec séroconversion était de 52 ans (±10). Concernant le traitement, 6 patients étaient traités par anti-TNF seul (n=2) ou en association avec le MTX (n=4) et un patient avait une association RTX+MTX. Une corticothérapie était associée chez 2 patients PR. Parmi les patients avec séroconversion, un seul patient n’a présenté aucun symptôme clinique évoquant une infection COVID-19. À l’inverse, l’interrogatoire a identifié 2 patients (SpA traité par IFX et PR sous RTX) ayant eu des symptômes caractéristiques d’infection COVID-19 (anosmie/agueusie) confirmée par une PCR COVID-19 positive pour lesquels la sérologie est revenue négative. Conclusion La séroprévalence SarS-Cov-2 était de 2,8 % dans cette population de patients sous immunomodulateurs pour un RIC. Cette étude montre une prévalence des formes asymptomatiques (11 %) proche de celle observée en population générale.

11.
Revue du Rhumatisme ; 87:A288, 2020.
Article in English | ScienceDirect | ID: covidwho-947420

ABSTRACT

Introduction L’épidémie à COVID-19 a bouleversé le système sanitaire français au mois de mars 2020. La méconnaissance de cette nouvelle maladie et la difficulté d’accès aux professionnels de santé pendant le confinement ont potentiellement abouti à des modifications, parfois inadaptées, de la prise en charge des patients suivis pour des pathologies chroniques. L’objectif de cette étude était d’évaluer l’impact de l’épidémie COVID-19 sur la prise charge de la polyarthrite rhumatoïde (PR) par une enquête transversale réalisée au mois de juin 2020 chez les patients suivis dans la e-cohorte du registre ART-SFR. Patients et méthodes Le registre national multicentrique français ART-SFR inclut des PR initiant un traitement par anti-TNF depuis septembre 2016 avec un suivi prospectif prévu sur 5 ans. Lors de l’inclusion dans le registre, il est systématiquement proposé au patient de participer à la e-cohorte qui consiste à recevoir des questionnaires mensuels en ligne portant sur leurs comorbidités, les traitements pris, la tolérance des traitements, le handicap fonctionnel, les vaccins. En juin 2020 un questionnaire supplémentaire a été envoyé à tous les patients participant à la e-cohorte portant sur leurs traitements en cours et sur l’impact de l’épidémie COVID-19 sur la prise en charge habituelle de leur PR. Résultats En juin 2020, sur les 1155 patients inclus dans le registre ART, 455 avaient accepté de participer à la e-cohorte. Parmi eux, 169 (37 %), (72 % de femmes, âge moyen 54 ans, 86 % sous bDMARD ou anti-JAK) ont répondu au questionnaire portant sur l’impact du COVID-19 sur la prise en charge de leur maladie. Parmi ces patients, 16 (2,7 %) d’entre eux ont eu des symptômes compatibles avec une COVID-19, mais aucun d’entre eux n’a été testé positif (test non fait, n=11, ou négatif, n=5). Aucun de ces patients n’a été hospitalisé pour une forme sévère de COVID-19. Parmi les 145 patients sous bDMARD ou anti-JAK en mars 2020, 27 (18,6 %) d’entre eux ont eu un changement thérapeutique entre mars et juin, dont la majorité (n=18, 78 %) à la demande du rhumatologue pour une raison sans lien avec l’épidémie, 6 pour une suspicion d’infection à COVID-19. Seuls 6 patients ont interrompu d‘eux même leur traitement par crainte d’une infection à COVID-19. Par ailleurs, 79 patients (47 %) ont déclaré avoir eu des poussées pendant la période de confinement motivant un changement thérapeutique pour 23 d’entre eux (29 %). Sur les 110 patients qui devaient avoir un rendez-vous pour le suivi de leur PR pendant la période de confinement, 66 (60 %) ont noté des modifications avec un report de la consultation ou une téléconsultation. Pendant la période de confinement, 40 patients (24 %) ont été mis en arrêt de travail ou chômage partiel, 32 (19 %) ont poursuivi leur activité en télétravail et 94 (57 %) ont poursuivi leur activité à la fois en télétravail et en présentiel, 12 patients (7 %) ont uniquement travaillés en présentiel, parmi eux seuls 2 patients n’ont pas eu les moyens de respecter les gestes barrière pendant l’exercice de leur travail. Enfin, 3 patients (2 %) ont perdu leur travail. Conclusion Ces résultats rassurants sur le suivi pendant le confinement des patients PR majoritairement sous bDMARD ou anti-JAK doivent être pris avec précautions. En effet, les patients inclus dans la e-cohorte du registre ART-SFR ne sont probablement pas représentatifs des tous les patients suivis pour une PR sous traitement ciblé en France.

12.
Revue du Rhumatisme ; 87:A282, 2020.
Article in French | ScienceDirect | ID: covidwho-947410

ABSTRACT

Introduction Depuis le début de l’année 2020, nous traversons une des plus grandes crises sanitaires que l’humanité ait connue due au coronavirus-2019. Cette pandémie suscite un degré considérable de crainte, d’inquiétude et de préoccupation dans la population en général et chez certains groupes en particulier, comme les personnes âgées, les prestataires de soins et les personnes souffrant d’affections préexistantes. Nos patients souffrant de RIC, pathologies auto-immunes traités par immunosuppresseurs, sont particulièrement concernés. Les mesures prises – en particulier la quarantaine et ses effets sur les activités normales, les habitudes ou les moyens de subsistance de nombreuses personnes – ont également un impact important. L’objectif de cette étude était d’évaluer l’impact psychologique (anxiété, dépression, trouble du sommeil, catastrophisme…) de l’épidémie COVID-19 ainsi que l’évolution de l’activité du rhumatisme chez les patients souffrant de RIC pendant le confinement. Patients et méthodes Étude observationnelle prospective bicentrique de patients suivis pour une PR, une SA ou un RPso sur 1 an. Des données sociodémographiques, sur les traitements, la pathologie, cliniques (Échelle Visuelle Analogique [EVA] douleur, EVA globale patient et rhumatologue, nombre d’articulations douloureuses et gonflées) et biologiques (CRP, vitesse de sédimentation) étaient recueillies. Le patient remplissait ensuite des autoquestionnaires sur l’activité de la maladie (BASDAI), le catastrophisme (PCS), le coping (CSQ), la qualité de vie (Sf12, EQ5D), le handicap fonctionnel (BASFI, HAQ), le dépistage de la fibromyalgie (FiRST), l’anxiété et la dépression (HADS, GAD7) ainsi que l’insomnie (ISI). Dans cette étude ancillaire, ont été analysées les données des 140 patients RIC avec une évaluation avant le confinement et une évaluation pendant le confinement (téléconsultations). Les analyses statistiques étaient descriptives avec des tests de Student appariés. Résultats En tout, 140 patients ont été inclus (49 PR, 69 SA, 22 RPso). L’âge médian était de 53,5 [44–63], il y avait 60,7 % de femmes. Le rhumatisme évoluait depuis>2 ans chez 92,9 % des patients. En tout, 72,9 % vivait en couple et 53 % étaient en activité. Lorsque l’on compare avant et pendant le confinement, l’EVA activité (31[15–60] avant vs 40 [20–60] pendant le confinement) et le NAD (1,5 [0,4] avant vs 4 [2–6] pendant) augmentaient légèrement. Le NAG, le HAQ et la composante physique du SF12 restaient semblables. Il n’y avait pas de modification du score d’insomnie. Par contre, il y avait une amélioration significative de l’anxiété, de la composante mentale du SF12 et de la qualité de vie globale (EQ5D). Conclusion Il existe très peu de données sur l’impact du confinement sur les patients souffrant de RIC. Dans cette étude, le confinement a eu peu d’impact sur l’activité de la maladie et a été bien vécu sur le plan psychologique.

13.
Revue Neurologique ; 2020.
Article in English | EMBASE | ID: covidwho-823273
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